Waworuntu sinh ngày 4 tháng 6 năm 1899. Bà là con gái của Albertus Lasut Waworuntu, một thành viên của Volksraad. Waworuntu học tiểu học tại Manado. Lên 14 tuổi, bà chuyển đến Batavia và sống trong một tu viện rồi tiếp tục theo học tại bậc trung học cơ sở. Vào năm 1917, bà trở thành người phụ nữ Indonesia đầu tiên có chứng chỉ dạy tiếng Pháp.[3] Trong thời gian ở Jakarta, Waworuntu tham gia tổ chức thanh niên Sumpah Pemuda.[4]

Trong thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng Đông Ấn Hà Lan, Waworuntu trở thành thành viên của Ủy ban Định hình các thuật ngữ khoa học bằng tiếng Indonesia, cùng với những nhân vật nổi tiếng như Sutan Takdir Alisjahbana. Sau khi Indonesia tuyên bố độc lập, bà bắt đầu dạy tiếng Pháp và tiếng Đức tại các trường trung học.[5]